一、诊断
省级、设区的市级和县级疾病预防控制机构成立预防接种异常反应调查诊断专家组，负责辖区内预防接种异常反应的调查诊断。其他任何医疗卫生单位或个人均不得做出预防接种异常反应诊断。
调查诊断专家组应当在接到报告后90日内完成调查诊断，形成《预防接种异常反应调查诊断书》和《预防接种异常反应调查诊断结论书》。在作出调查诊断结论后10日内，报同级卫生健康主管部门和药品监督管理部门。县级卫生健康部门在5日内将调查诊断结论告知受种方并将《预防接种异常反应调查诊断结论书》送达受种方。
如因存在特殊情况，调查诊断专家组在90日内无法作出诊断结论的，需报同级卫生健康主管部门和药品监督管理部门同意后，可再延长60日。
受种方、接种单位、疫苗上市许可持有人对预防接种异常反应调查诊断结论有争议时，可以在收到预防接种异常反应调查诊断结论之日起60日内向接种单位所在地设区的市级医学会申请进行预防接种异常反应鉴定，并提交预防接种异常反应鉴定所需的材料。对设区的市级医学会鉴定结论不服的，可以在收到预防接种异常反应鉴定书之日起15日内，向省医学会申请再鉴定。申请鉴定的，补偿以鉴定结论为最终依据。
二、程度分级
预防接种异常反应调查诊断结论确认为预防接种异常反应的，受种方应当在60日内向设区的市级医学会提出申请，进行损害程度等级评定。对设区的市级医学会预防接种异常反应损害程度等级评定不服的，可在设区的市级医学会出具预防接种异常反应损害程度等级评定结论后30日内申请省医学会再次评定。
三、受理补偿
受种方经诊断或鉴定明确为预防接种异常反应的，可在收到预防接种异常反应诊断或鉴定结论及损害程度等级评定结论之日起90日内，向接种单位所在地县级卫生健康部门提出书面预防接种异常反应经济补偿申请。
区县级卫生健康部门受理补偿申请书后20日内完成工作
市级卫生健康部门在收到审核报告等材料后，在30日内商市级财政部门进行审核，共同在审核报告上加具审核意见并加盖公章;将审核报告原件、补偿申请书原件和申请材料复印件等相关材料(一式三份)上报省级卫生健康部门。
省级卫生健康部门在收到审核报告等材料后，在30日内出具审核意见，并商省级财政部门同意后，共同在审核报告上加具审核意见并加盖印章;将审核报告等材料一份留省卫生健康部门存档，其余两份逐级送达至市级和县级卫生健康部门。
未通过审核的审核报告，所有材料退回，并在上述规定时限内逐级重新计算审核。
县级卫生健康部门收到审核报告后，在7日内告知受种方，并与受种方签订“陕西省预防接种异常反应补偿协议书”，确认一次性补偿金额。如受种方不同意补偿金额，在接到预防接种异常反应补偿通知后60天内可依法申请复议或在3个月内依法提起诉讼。
市级卫生健康部门在收到已签署的补偿协议书后，会同市级财政部门将有关材料同时报省级卫生健康和财政部门申请补偿资金。省级财政部门审核无误后按规定将补偿经费逐级拨付到县级。县级在收到预防接种异常反应补偿费直接支付给受种方，补偿终止。
