经济适用房交易需要缴纳的税费总共包括：政府差价收益金、营业税、个税、契税以及交易手续费。
1、政府差价收益金
(1)缴纳政府差价收益金：国有土地拆迁补偿取得的经济适用房和低收入申购来的经济适用房都需要缴纳政府差价收益金。
(2)不缴纳政府差价收益金：征地拆迁补偿取得的经适房不需要缴纳政府差价收益金;家庭共同申购人和符合购买经济适用房条件的不需要缴纳政府差价收益金。(包括国有土地拆迁和低收入申请取得)
以上是否需要缴纳政府差价收益金会在南京市经济适用房上市确认书上注明。如需要缴纳政府差价收益金，收益金部分必须在市房改办一楼大厅1号窗口拿上市确认书当天缴纳!(申请上市5个工作日取件)
2、营业税
与正常二手房交易一样，经济适用房上市交易的，满五年则不需要缴纳营业税。值得注意的是，购房发票满五年是确认能否上市交易，有无营业税则以证载日期(低收入申请取得)和拆迁协议的时间为准。
不满五年的，则需要缴纳房屋核定总价5.55%的营业税。(低收入申请的经济适用房证载时间不满5年)
3、个税
交易中的经适房，如果符合“满五年唯一”的条件，可以免征个税。
经济适用房上市交易规定：“除上市房屋外，上市房屋所有权人必须有第二套家庭人均满17平方产权住房”(包括当时家庭共同申购人员)，需要缴纳个税的缴纳标准同普通住宅买卖的标准，即：房屋全款的1%或者差额的20%。
注：
不交个税情况：虽然经济适用房上市交易的条件中有“除上市房屋外，上市房屋所有权人应有第二套住房”，但并不表示经适房就没有“满五年唯一”的。比如房东就房屋满5年家庭唯一住房，交易买卖时子女提供房屋承诺自己房屋给父母居住，那么此房也可以交易买卖且无个税。
4、契税
(1)90㎡以下：首次1%、非首次1.5%
(2)90-144㎡(含90㎡)：首次1%、非首次2%
5、交易手续费
登记费：80元/套
配图费：20元/证
转让手续费：交易双方各3元/平方米
