(一)综合科
协助中心领导工作，进行综合协调和检查督促工作;草拟中心工作安排、总结，起草重要文件和领导讲话;负责各项日常性活动的安排组织;负责中心文秘、机要保密、档案工作和工作人员的管理工作;负责重要会议的组织、文电处理、公共关系、信息综合和来信来访工作;负责中心政治业务学习检查和安全保卫、清洁卫生、计划生育、接待、后勤服务等工作;严格管理印章，严肃印章使用;负责各科室之间的业务衔接、监督和协调服务工作。
(二)医疗保险基金管理科
贯彻落实国家和省、州有关医疗保险基金管理的各项政策法规;负责城镇职工医疗保险基金、城镇居民医疗保险基金、工伤保险基金、生育保险基金的稽核、监督、发放工作;承担城镇职工医疗保险基金、城镇居民医疗保险基金、工伤保险基金、生育保险基金的预算、决算和年报、季报工作。
(三)职工医疗保险科
负责制定全州医疗保险政策、改革方案和实施细则;负责制定全州国家公务员医疗补助、企业补充医疗保险、大病医疗保险政策;州直统筹区职工医疗保险申报登记、缴费基数核定、个人帐户管理工作;负责州直统筹区职工医疗保险基金收缴、催缴、清欠工作;负责州直统筹区职工医疗保险个人帐户资金的报销及个人帐户管理相关业务。负责监督检查全州职工医疗保险政策执行情况。
(四)城镇居民医疗保险科
负责落实城镇居民基本医疗保险各项制度并起草相关文件;负责各县(市)数据的统计、上报及相关单位的协调、服务和管理工作;负责州直统筹区城镇居民基本医疗保险参保登记、造册、发证等工作;负责各相关单位及各县(市)城镇居民基本医疗保险的协调联系工作;负责监督检查全州城镇居民基本医疗保险政策执行情况。
(五)工伤保险科
负责拟定并组织实施《临夏回族自治州〈工伤保险条例〉实施细则》;负责州直统筹区工伤保险的申报登记、缴费基数核定和工伤保险待遇的结算、支付以及工伤保险相关业务;负责州直统筹区工伤保险住、转院审批、管理工作;负责监督检查全州工伤保险政策的执行情况。
(六)生育保险科
负责制定全州生育保险政策、改革方案和实施细则;负责拟定全州《生育保险办法》及实施细则;负责州直统筹区生育保险申报登记、缴费基数核定、住院和转院审批工作;负责州直统筹区生育保险相关业务;负责监督检查全州生育保险政策执行情况。
(七)医疗管理科
负责州直统筹区医疗(含城镇居民)、工伤、生育保险住、转院病人住院费用的结算;根据《甘肃省基本医疗保险药品目录》和《甘肃省基本医疗保险诊疗项目》规定，严格审核统筹基金支付范围，认真复核各定点医院费用结算表;严格审核住院患者提供的相关资料，确定病情及费用情况;负责审核、复查住院患者病历，检查不合理用药和诊疗项目，发现问题及时上报，重新核算，防止统筹基金流失;认真填制住院患者保险证，做到报销金额填制准确及时。
