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醋酸洋红是染细胞核和染色体的。在观察植物细胞有丝分裂时，对染色体进行染色，需要用碱性染液，此时可以使用醋酸洋红或龙胆紫染液。虽然这两种颜料称作碱性染料，但其溶液呈酸性。在月季的花药培养中，用醋酸洋红可以检测花粉是否处于单核期。
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