供给作物养分和活性物质，提高光合作用强度
有机肥料在土壤中不断矿化的过程中，能持续较长时间供给作物必需的多种营养元素，同时还可供给多种活性物质，如氨基酸、核糖核酸、胡敏酸和各种酶等。尤其在家畜、家禽粪中酶活性特别高，是土壤酶活性的几十倍到几百倍，既能营养植物，又能刺激作物生长，还能增强土壤微生物活动，提高土壤养分的有效性。在有机肥料分解过程中，产生大量CO2供作物进行碳的同化，植物的光合作用强度在一定的CO2浓度范围内，随CO2增加量直线上升。据北京、福建等地的试验证明，增加CO2的浓度能使作物增产10%以上。有机肥料中含有丰富的碳源，对促进作物生长、提高产量有重要意义。
提高土壤肥力
土壤有机质是衡量肥力水平的主要标志之一，是土壤肥力的物质基础，是补给和更新土壤有机质的物质来源。施用有机肥料时，(1)不断补充被消耗的有机肥料。单靠化学肥料，不要几年，土壤结构就遭到破坏而板结。(2)不断提高土壤有机质含量。我国大部分地区土壤有机质含量都比较低，除东北黑土地区有机质含量较高，可达2.5%～7.5%外，像华北、西北地区大部分低于1%，华中、华南一带水田有机质含量稍高，达1.5%～3.5%。此外，旱地地区很少能达到2%以上的，其中耕地有机质含量0.5%以下的，还占我国现有耕地面积的10.6%。(3)不断更新土壤有机质。有机肥料转化为土壤有机质约占土壤有机质年形成量的三分之二，可见要补充有机肥料才能不断更新土壤有机质。很显然，施用有机肥料提高土壤肥力非常重要。
改善土壤理化性质
有机肥料进人土壤后，经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾。降低土壤容重，改善土壤的粘结性和粘着性，使耕性变好。由于腐殖质疏松多孔，其粘着力和粘结力比粘土小，比砂土大，因而既可以提高粘性土壤的疏松度和通气性，又可改变砂上的松散状态。腐殖质的颜色较深，可以提高土壤的吸热能力，改善土壤热状况。腐殖质疏松多孔吸水蓄水力强，可以提高土壤的保水能力。腐殖质分子的羟基，酚式羟基或醇式羟基在水中能解离出H+离子。使腐殖质带负电荷，故能吸附大量阳离子，与土壤溶液中的阳离子进行交换，因而可以提高土壤的保肥能力。由上可知，施用有机肥料能有效地培肥土壤，有利于高产和稳产。
提高产品品质
单一施用化肥或养分配比不当，均会降低产品质量。实践证明有机肥料与化学肥料配合施用能提高产品品质，如提高小麦和玉米子粒中蛋白质含量。配合施用比单施化肥品质都有提高，小麦蛋白质含量提高1%，面筋提高2.3%，子粒全氮提高0.19%。中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、过多地追施氮肥，蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加，特别是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸盐高达1000μg/g，最高者可达1700μg/g，而厩肥区仅为200～500μg/g，最低仅几十个μg/g。对于西红柿和菜花类，采用有机无机肥配合，可使维生素C的含量提高16.6～20.0μg/g。
减轻环境污染
有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此，合理利用这些有机肥料，既可减轻环境污染，又可减少化肥投人，一举两得。有机肥料还能吸附和螫合有毒的金属阳离子如铜、铅，增加砷的固定。
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