根据孔雀鱼的身体颜色、纹路、尾巴形状、尾巴颜色的不同，大致可以分为体色类、颜色纹路类、尾型类、和尾色类，其中包含白子总系、野生色总系、蛇纹总系、白金总系、白金蛇纹总系、马赛克总系、鳍延总系、剑尾总系、圆尾总系、三角尾总系、蓝色总系和黄色总系。
孔雀鱼种类繁多，分为狭义上的和广义上的，一般狭义上的孔雀鱼只身体和尾巴颜色纹路的表现形似孔雀，包含礼服、鱼尾、蕾丝、银河等，而广义上的孔雀鱼是指所有基因型相同的孔雀鱼，例如酒红眼白子、冠尾等都属于广义品系，孔雀鱼的种类，根据其外观特征的不同，大致分为体色类、颜色纹路类、尾型类、尾色类四类个类型。
一、体色类
1、白子总系：包含真红眼白子和酒红眼白子。真红眼白子的身体颜色较白，眼珠颜色鲜红，而酒红眼白子比较少见，它的颜色在野生色和真红眼白子之间，它们的眼珠用手电筒照射时可以看出是红色的，这两个品系的母鱼胎斑都是粉红色的。
2、野生色总系：野生色、黄化和玻璃体都属于野生色系，野生色品系属于较常见的，它们的身体颜色尾灰色，但是母鱼身上的胎斑是黑色的；黄化是比较罕见的一种，它们的颜色偏黄，但是眼珠颜色是黑色，它们的母鱼胎斑是粉红色。
玻璃体品系的鱼身体肌肉呈半透明，可以很清楚的看到它们的内脏和器官，母鱼在孕期是还可以看到鱼卵及将要出生的小鱼。
二、颜色纹路类
1、蛇纹总系：蛇王、蕾丝、古老品系、马特利及金属都属于蛇纹总系类，蛇王的身上和尾巴上都有比较粗且很连贯的蛇纹纹路，甚至还可以看到少量的金属小色块，蕾丝也被人们成为蕾丝蛇王，它的身体特征与蛇王类似。
古老品系的身体上覆盖着不规则的蛇纹状纹路，马特利的身体上有着厚重的黄色色块，在白子时期还会出现更加明亮的黄色。
金属身体的前半部分有着具备金属光泽的深蓝色色块，而且一致延伸到尾巴根部它们在白子时期身上的金属块颜色会变成很浅或是具有金属光泽的深紫色。
2、白金总系：包含白金、珊瑚红、珊瑚蓝、圣塔玛利亚四种，白金身体上有反光的白色鳞片；珊瑚红的身体侧线附近有长条形的红色色块，它们的体型一般比较大；珊瑚蓝的身体侧线附近有长条形的蓝色色块。
圣塔玛利亚身体眼睛后面到尾巴最下面有一条线形黑色色块，在白子时期，它们身上的色块会变得很浅。
3、白金蛇纹总系：银河、美杜莎都属于此系，银河的身体上有不连贯的蛇纹纹路和不规格的白金色块，同时身上还有金属小色块；美杜莎的身体纹路基本与银河相似，但相比较之下，它们身上的纹路要更细腻，它们的尾巴上面和下面都是蛇王纹路，但尾巴中间多为蕾丝纹路而且还会有尾鳍中部鳍膜缺失的情况出现。
4、马赛克总系：分为马赛克和草尾，马赛克的尾巴多呈圈状、树根状或是闪电状的黑色纹路，在白子时期身上的纹路是半透明的；草尾的尾巴和背鳍上有不连贯的黑点状纹路，很多草尾的身上还会有黑色的菱形斑块。
三、尾型类
1、鳍延总系：包含缎带和燕尾，缎带的身体腹鳍、臀鳍最外侧鳍条延长；燕尾身体的每个鳍条不规则延长，这两个品种的公鱼若是受到缎带或燕尾的基因影响会造成不育。
2、剑尾总系：顶剑、底剑、双剑都属于剑尾总系，顶剑尾部是小圆尾，它们的尾巴上方有几根呈剑状的鳍条延长；底剑也是小圆尾，它们的尾巴下方也有几条剑状的鳍条延长；双剑的尾巴上下都有剑状鳍条延长，尾巴形状呈V形。
3、圆尾总系：圆尾、矛尾、针尾都属于圆尾，圆尾即尾巴为圆形；矛尾的尾巴形似矛头，跟纺锤形相似；珍尾的尾巴较圆钝，但是它们的尾巴中部末端有几根类似针状的几根鳍条延长。
4、三角尾总系：包含三角尾、扇尾、铲尾、冠尾，三角尾的尾巴形状尾等边三角形；扇尾的尾巴与三角尾相似，但扇尾的尾巴上三角形的底边是非常明显的弧线；铲尾的尾巴比三角尾小，但基本相似；琴尾的尾巴形状类似与里拉琴；冠尾的鳍条与鳍条之间鳍膜缺失、分离，就像是分叉了的笤帚一样，但是控制冠尾的基因有时候会致使公鱼无法生育。
四、尾色类
1、蓝色总系：杂合子蓝尾、蓝化体蓝尾、紫尾都属于蓝色总系，杂合子蓝尾身体上的蓝色较浅；蓝化体燕尾的尾巴颜色较深；紫尾的尾巴颜色是紫色。
2、黄色总系：分为黄尾和白尾，黄尾的尾巴颜色是黄色的，白尾的尾巴颜色是白色。
