光解：紫外线照射能快速光解氟乐灵和二硝基苯胺等。挥发：温度越高，湿度越大，饱和蒸气压越高，挥发性越强。土壤吸附：土壤胶体物理或化学吸附，有机质与黏粒含量越高作用越强。淋溶：水溶度越高，吸附作用弱，易被淋溶。化学分解：包括氧化、还原、水解。生物降解：含土壤微生物降解和植物体内降解。
一、光解
紫外线引起表层除草剂会随着日光照射光化分解，不同的除草剂的类型、品种和其分子结构决定分解的速度，差别也很大，其中有二硝基苯胺除草剂，尤其是是氟乐灵是最容易被光解的，其他类速度略慢。
除此之外，紫外线强度、除草剂分子吸收力及温度等因素都能影响光解作用，喷药后将药剂混拌于土壤中可防止光解。
二、挥发
1、物理特性
挥发是土壤处理除草剂消失的重要原因，挥发性强弱受化合物的饱和蒸汽压影响，饱和蒸气压高的如二硝基苯胺类除草剂，挥发性强。
其次是硫代氨基甲酸脂类除草剂，这类除草剂喷洒土表后迅速挥发，大大丧失活性，敏感作物更容易受到伤害。
2、环境因素
受环境因素的制约，温度与土壤湿度的影响最大，温度上升时，饱和蒸气压增加，挥发性变强；土壤湿度大时，除草剂容易在土壤中形游离状态，汽化挥发。
三、土壤吸附
除草剂在土壤中主要被土壤胶体物理或化学吸附，取决于除草剂的分子结构和土壤有机质与黏粒含量，含量越高作用越强。
适当增减或灌溉可以减少系副作用，提高除草剂效果，易被吸附的除草剂有脲类、均三氮苯类、硫代氨基酸酯类等，不易吸附的有磺酰脲类、咪唑啉酮类除草剂。
四、淋溶
除草剂在土壤中随水分移动，在土壤剖面形成的分布即淋溶，淋溶决定于特性、水溶度、土壤结构组成、有机质含量、pH值、透性以及水流量等，不仅渗入地下造成污染，而且降低除草剂效果，应使用正确的方法和用量，减少损害。
1、水溶度：水溶度越高越易淋溶，同时酯类淋溶性比化合物的盐类弱。
2、有机质含量：土壤中黏粒与有机质含量越少，吸附作用越弱，越易被淋溶。
3、pH值：通过除草剂和土壤之间的化学反应影响淋溶，碱性土比酸性土更容易淋溶，如磺酰脲类除草剂pH值高，淋溶强。
五、化学分解
1、化学分解包括氧化、还原、水解以及形成非溶性盐类与络合物，其中磺酰脲类除草剂在酸性土壤中通过水解作用消失。
2、一部分除草剂与土壤中高价金属离子发生离子反应，形成非溶性盐类；一部分除草剂则和土壤中的钴、铜、镍等反应，形成络合物，残留在土壤中。
六、生物降解
生物降解分为土壤微生物降解和植物体内降解，同时在部分真菌、细菌与放线菌等微生物的作用下参与降解，除草剂会脱卤、脱烷基、水解、氧化、环羟基化与裂解、硝基还原、缩合以及形成轭合物，最终丧失活性。
