慢性型病例，依据流行病学，临床症状，病理变化，可作出初步诊断。本病为原发性疾病，仅发生于6月龄以下猪，1-4月龄的仔猪多发，一般呈散发性，若存在养殖办理不良，气候恶劣，长途运输等不良条件，可诱发本病呈当地流行性。
病猪体现慢性下痢，成长发育不良；剖检可见大肠发生弥漫性纤维素性坏死性肠炎变化，肝、脾及淋巴结有小坏死灶或灰白色结节。
急性病例：需进行实验室检查才能确诊。
（一）细菌学诊断
采纳病猪的粪、尿或肝、脾、肾、肠系膜淋巴结，流产胎儿的胃内容物，流产病畜的子宫分泌物少量等作涂片镜检或别离培育。将被检资料制成涂片，天然枯燥，用革兰染色镜检，沙门氏菌呈两头椭圆或卵圆形，不运动，不构成芽孢和荚膜的革兰阴性小杆菌。
将病料直接划线接种挑选培育基（S.S琼脂、D.C琼脂）和鉴别培育基（麦康凯琼脂、伊红美蓝琼脂）各一平板，置37℃培育24h。沙门氏菌通常构成无色通明或半通明、中等巨细，边缘规整、润滑、较扁平的菌落。有的沙门氏菌因发生硫化氢，在S．S或D.C琼脂上构成基地带黑色的菌落。挑取沙门氏菌可疑菌落接种于双糖铁（或三糖铁）斜面，置37℃培育18 - 24h，观察底层葡萄糖产酸或产酸产气，发生硫化氢变棕黑色，上层斜面乳糖不分化、不变色，则可开始判定为沙门氏菌。必要时进行生化试验及动物接种试验等。
（二）血清学诊断
挑取双糖铁（三糖铁）斜面培养物做玻片凝集试验，将沙门氏菌A-F群多价血清滴1滴置玻片上，然后用铂耳挑取培养物少许，在血清滴中混和均匀后观察，如凝集反应呈阳性，再分别用O单价血清作定组鉴定，以确定所属群别。
对流免疫电泳(CIE)、协同凝集试验(COA)、酶联免疫吸附试验(ELISA)、免疫荧光法、基因探针检测、重氮乳反向乳凝与乳凝试验等都可用于沙门氏菌的快速诊断。
