1、产地存在差异性：肉苁蓉是需要在梭梭树上面寄生的一种植物，也只有沙漠中的环境才有利于肉苁蓉的生长；海拔一千两百米至海拔一千三百米的悬崖陡壁是草苁蓉偏爱的生长环境。2、价格差异性较大：肉苁蓉在市面上的价格是相对比较贵的，而草苁蓉的价格相对肉苁蓉而言要便宜很多。3、草苁蓉和肉苁蓉成分也具有明显差异。
一、产地存在差异性
1、肉苁蓉
肉苁蓉是需要在梭梭树上面寄生的一种植物，只有沙漠中的环境才有利于肉苁蓉的生长，也正因为缓解的恶劣，让肉苁蓉的价值非常高。目前我国新疆、内蒙阿拉善盟、甘肃、宁夏等地均有生产，一般野生肉苁蓉比人工培育的肉苁蓉质量更高。
2、草苁蓉
草苁蓉的生长环境不如肉苁蓉要求高，也没有那么恶劣，但必须满足其特殊需求才能生长。海拔1200米至海拔1300米的悬崖陡壁是草苁蓉最喜欢的生长环境，同样具有顽强的生命力，在我国黑龙江、吉林、蒙古有生产，可作为肉苁蓉的替代品。
二、价格差异性较大
1、肉苁蓉
肉苁蓉生长在环境恶劣的沙漠中，在其他地方生长困难，所以肉苁蓉产量相对较少，采摘困难，且因为肉苁蓉中营养物质非常丰富，所以肉苁蓉市场价格相对较高，便宜时需要两三百一斤，质量更好的肉苁蓉可能需要上千元一斤。
2、草苁蓉
草苁蓉生长地区比较多，也相对比较常见，所以草苁蓉价格比肉苁蓉便宜得多，大致价格从几十元到几百元的样子，具体草苁蓉销售价格与草苁蓉品质有关。
三、成分具有明显差异
1、肉苁蓉
肉苁蓉之所以显得宝贵，主要是含有的成分对人体很重要。其中含有生物碱、氨基酸、木脂素类等，其中苯乙醇总苷是肉苁蓉中重要的一个活性成分，对男性性能力的改善有明显的效果，对女性的衰老和宫寒也有帮助。
2、草苁蓉
草苁蓉与肉苁蓉成分有相似也有不同似，其中草苁蓉含有草苁蓉醛、草苁蓉内酯、甘露醇和生物碱等成分，其中CR超级激酶是一个很重的物质，可修复基因和细胞。
