1、杀菌温度与时间：巴氏杀菌乳采用较低的杀菌温度，超高温灭菌乳采用135℃以上灭菌数秒。2、风味：巴氏杀菌乳口味新鲜，超高温灭菌乳有熟奶味或蒸煮味。3、营养：巴氏杀菌乳营养破坏少，超高温灭菌乳营养破坏多。4、保存条件和保质期：巴氏杀菌乳在2-8℃下存放3-10天，超高温灭菌乳常温下可保存3-6个月。
一、巴氏杀菌的工作原理
1、巴氏杀菌是将混合原料加热到68-70℃，并保持该温度30分钟后迅速冷却到4-5℃。
2、因为一般细菌的致死点均为温度68℃与时间30分钟以下，所以将混合原料经此法处理后，可杀灭其中的致病性细菌和绝大多数非致病性细菌，混合原料加热后突然冷却，急剧的热与冷变化也可以促使细菌的死亡。
二、巴氏杀菌和高温杀菌的区别
1、杀菌温度与时间
巴氏杀菌乳采用较低的杀菌温度，超高温灭菌乳采用135℃以上灭菌数秒。
2、风味
巴氏杀菌乳口味新鲜、接近于生鲜牛奶，超高温灭菌乳有熟奶味或蒸煮味。
巴氏杀菌乳口味新鲜、接近于生鲜牛奶，超高温灭菌乳有熟奶味或蒸煮味。巴氏杀菌乳口味新鲜、接近于生鲜牛奶，超高温灭菌乳有熟奶味或蒸煮味。3、营养
巴氏杀菌乳营养破坏少，超高温灭菌乳营养破坏多，主要是维生素等微量营养物质，但主要的营养成分如蛋白质、脂肪和乳糖等无大差异。
4、保存条件和保质期
巴氏杀菌乳在2-8℃下存放3-10天，超高温灭菌乳常温下可保存3-6个月，袋装超高温灭菌乳也可存放1.5个月。
5、国外消费
巴氏杀菌乳是主要消费类型，超高温灭菌乳是次要或较少消费量。
三、巴氏杀菌的替代方法
1、超高温灭菌法
（1）随着技术的进步，人们还使用超高温灭菌法（UHT超高温瞬间灭菌，高于100℃，但是加热时间很短，对营养成分破坏小）对牛奶进行处理。
（2）经过这样处理的牛奶的保质期会更长，我们看到的那种纸盒包装的牛奶大多数是采用这种方法。
2、杀菌贮藏技术
（1）液体介质利用脉冲放电的生物效应杀菌，杀菌设备一般由供给能量的脉冲放电电源和液体物料直接杀菌的杀菌室两大部分构成。
（2）工作原理是脉冲放电杀菌时，把液态物料作为电介质置于杀菌室两电极间隙内或连续流过杀菌室的两电极间隙，当两电极加上一定强度和频率的脉冲电场时，在液态物料中产生极强烈的生物效应杀死其中的细菌。
3、电解杀菌
在导电的溶液中，由于在电极和溶液界面上交换电子而引起的氧化还原反应，这种技术的反应分2种，一种是在外界电能的作用下发生的，一种是没有外接电源而是靠外界的光能、热能或者其他形式的能量激发而成。
4、交流电杀菌
（1）一般是指果蔬汁类的液体物料内通过数百赫兹以下的低频交流电杀死微生物细菌的方法。
（2）其中有一种扩展使用方法，利用交流电的热效应，也称之为电阻加热技术，它是利用连续流动的导电液体的电阻热效应来进行加热，以达到杀菌目的。
5、超声波杀菌
利用超声波在固体、液体、气体中传播时的空化效应、力学效应、化学效应、热效应、弥散效应、声流效应、毛细效应、触变效应的一系列反应来达到杀菌目的。
6、激光杀菌
激光是电磁波，也是一种能量流（光子流），利用生物体产生的一些特殊生物效应（化学反应、热效应、电子效应、压力效应、生物刺激效应）的工作原理杀菌。
7、脉冲强光杀菌
利用强烈白光闪照的技术进行杀菌，该技术一般用于处理食品的表面杀菌，可以延长透明物料的预包装食品的货架期。
8、磁场杀菌
无论是恒定磁场还是脉冲磁场都能有效地抑制某些微生物和细菌的生长，当达到一定的磁场强度时利用通过抑制食品的自由基活动、影响蛋白质和酶的活性使酶、氨基酸、核酸、蛋白质等生物大分子失去活性，杀死细菌。
9、微波杀菌
（1）微波能的热效应：在一定强度微波场的作用下，食品中的虫类和菌体会因分子极化现象，吸收微波能升温，从而使其蛋白质变性，失去生物活性。微波的热效应主要起快速升温杀菌作用。
（2）微波能的非热效应：高频的电场也使其膜电位、极性分子结构发生改变，使微生物体内蛋白质和生理活性物质发生变异而丧失活力或死亡。在灭菌中起到了常规物理灭菌所没有的特殊作用，也是造成细菌死亡原因之一。
