(1)挂靠人和被挂靠人之间的挂靠合同法律关系。
挂靠人与被挂靠人之间引起纠纷的主要原因是拖欠工程价款或者管理费，即因被挂靠人拖欠挂靠人的工程价款、被挂靠人拖欠挂靠人的管理费/承包费等而发生。因为在挂靠中，挂靠人通常是以被挂靠人名义与发包人发生工程款交付结算关系，发包人先把工程款拨付到被挂靠人名下，再由挂靠人到被挂靠人处领取，这样被挂靠人掌握了工程款的主动权，而挂靠人处于被动地位，因被挂靠人不按双方之间的协议支付工程款引起纠纷。
另外一类纠纷是追偿权纠纷，因为在挂靠合同中往往会约定，若因挂靠人的过错导致被挂靠人受损的(包括但不限于向建设单位、材料设备供应商、雇用人员支付违约金、赔偿金等)，被挂靠人可以在承担相关责任后向挂靠人追偿，即基于挂靠合同关系，被挂靠人行使追偿权而发生的纠纷。
法律法规明确否定了挂靠行为的合法性。据此，挂靠双方当事人签订的挂靠协议因其违反了法律法规的强制性规定而归于无效。对于无效的合同，合同法规定对因无效合同而取得的非法利益应予没收。所以，对被挂靠人取得的管理费等应依法被没收。
然而，虽然挂靠合同无效，但对于被挂靠人拖欠挂靠人工程价款的情形(实际上涉及到的建设工程施工合同也是无效的，后面会谈到。)，应区分为两种情况来处理，一是如果工程竣工验收合格的，挂靠人要求被挂靠人支付工程价款的，应予支持;二是如果工程竣工验收未合格的，挂靠人要求被挂靠人支付工程价款的，不予支持。
建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持。修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。对于承包人要求支付工程价款的，分为两种情形处理：一是工程竣工验收合格的应予支持，二是工程竣工验收不合格的不予支持。这两条规定实际上淡化了合同的效力，即不以合同是否有效为依据，而是以工程竣工验收是否合格为依据，验收合格的就予以支持，验收不合格的就不予以支持。虽然这两条规定的是发包人与承包人之间的关系，但其对挂靠人与被挂靠人之间也应当是适用的。
(2)发包人与承包人(被挂靠人)的建筑工程承包合同法律关系。
从表面上看，该合同承包人(被挂靠人)具有符合建设活动要求的相应资质条件，其合同主体符合法律规定，发包人与承包人(被挂靠人)之间签订的建筑工程承包合同合法有效。即以工程是否验收合格来区分处理。工程验收合格的，则支持承包人(被挂靠人)向发包人支持工程价款的请求;工程验收不合格的，则不支持承包人(被挂靠人)向发包人支付工程价款的请求。另外需要强调的是，由于建设工程施工合同无效，被挂靠人作为承包人的“工程价款优先受偿权”将无法行使，因为合同有效，是拥有和行使该项权利的基础。
工程雇佣人员的工资也是作为工程价款欠款的方式来处理的。按相关的法律法规的规定判断，雇用人员也属于实际施工人，他们也可以向发包人、转包人、违法分包人主张权利。在挂靠中，雇用人员被拖欠工资时，可以向发包人、被挂靠人、挂靠人主张权利。
