发现新的犯罪事实审查起诉时不能直接更改，应当按照新的犯罪事实来进行起诉，在确定犯罪事实和量刑处理后，由司法机关来进行数罪并罚，具体情况应当结合实际而定，避免法律适用错误。
不能直接改，可以直接起诉，检察院在审查起诉阶段发现有新的犯罪事实，在事实清楚、证据充分的情况下，可以直接起诉，或者退回公安机关补充侦查，属于检察院管辖范围内的自行侦查。
《刑事诉讼法》第一百七十一条 人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料;认为可能存在本法第五十四条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
根据我国《刑事诉讼法》的规定，人民检察院对于侦查机关移送审查起诉的案件，应当在7日内进行审查，审查的期限计入审查起诉的期限。人民检察院收到侦查机关的起诉意见书后，应当指定检察人员审查案件是否属于本院管辖，起诉意见书以及案卷材料是否齐备，案卷装订、移送是否符合有关规定和要求，诉讼文书，技术性鉴定材料是否单独装订成卷，作为证据使用的实物是否随案移送及移送的实物与物品清单是否相符，犯罪嫌疑人是否在案及采取强制措施的情况。
经过审查，对具备受理条件的，填写受理审查起诉登记表，对移送的起诉意见书及其他材料不符合有关规定和要求或者有遗漏的，应当要求侦查机关按照要求制作后移送或者在3日内补送。对于犯罪嫌疑人在逃的，应当要求侦查机关采取措施保证在逃的犯罪嫌疑人到案后另案移送审查起诉，对在案的犯罪嫌疑人的审查起诉应当照常进行。人民检察院审查起诉部门受理本院侦查部门移送审查起诉的案件，应当按照上述程序办理。
对于发现了犯罪嫌疑人有其他案件的犯罪事实的话，必须将此案撤回，而不是再一起审理，只能将此次罪行撤回，然后再通过提交相关的证据，起诉两项罪名这样犯罪嫌疑人就有两个罪名，法官可以通过这两个罪名来进行立案调查审理，并且是两个案件的相关量刑。
