很多时候，一些人在不知不觉中就患上了胃肠病，更有一些患者在病重住院的时候才知道自己患上了胃肠病。究其原因有以下几个因素：
饮食因素
进餐时间不规律，时早时晚;进食量不规律，时多时少;进食生冷、辛辣等刺激性食物。碳酸饮料、油炸食品都会刺激胃黏膜，导致消化不良。
生活因素
生活不规律，如作息时间无常，过度安逸或劳累，或有不良嗜好，如吸烟，酗酒，过量饮浓茶、咖啡等。
物理因素
胃肠道比较容易受到物理因素的影响，如进食过热、过冷或者粗糙的食物，容易刺激和磨损胃肠道黏膜。另外,长期的X线照射也会诱发胃肠病。
化学因素
长期服用一些对胃肠道有刺激的药物，如非甾体类抗炎药、糖皮质激素等，会损伤胃黏膜，诱发或加重胃肠病;误服一些腐蚀性较强的化学物质，如强酸、强碱等，也会导致胃肠病;另外，胆汁反流也是重要的发病原因，因为胆汁为碱性物质，会中和胃酸，损伤胃黏膜。
免疫因素
一些免疫反应也常可导致肠胃病，如幽门螺杆菌抗体可造成自身免疫损伤;慢性萎缩性胃炎可检测到壁细胞抗体;伴有恶性贫血的患者还可能找到内因子抗体。
精神因素
持续过度的精神紧张、劳累、情绪激动等会导致自主神经系统调节障碍，致使内分泌系统出现紊乱,进而影响胃蠕动和胃酸分泌，引起胃肠病的发生。
生物因素
俗话说“病从口入”，胃肠道每天都有大量食物、水等通过，难免有一些食物和水会被细菌或其他病原体污染，常见的有沙门菌属副溶血弧菌(嗜盐菌)、幽门螺杆菌、大肠埃希菌以及某些流感病毒和肠道病毒等。
遗传因素
多种胃肠病均与遗传有关，溃疡病、慢性胃炎都有明显的遗传倾向。
疾病因素
很多全身性疾病可以诱发或者加重胃肠病，如甲状腺功能亢进症(甲亢)、糖尿病、慢性肾上腺皮质功能减退和干燥综合征患者，常可合并慢性萎缩性胃炎。营养不良、心力衰竭、肝病合并门静脉高压患者，也会由于胃肠道黏膜淤血、水肿，引发胃肠病。
