1、物理方法：机械捞藻法在大规模除藻行动的开始阶段或除藻前的准备阶段，适当捞藻清理水面是必要的。实践证明，用此法作为主要的应急治理事不科学的。主要原因是：水体中能捞取出的藻量微乎其微，与投入不成比例。使藻类的减少量少到可以忽略不计的程度。捞藻的速度远远比不上藻类的生长速度。大量浪费资金。用捞藻法花费大量人力物力，开支十分巨大。
2、挖泥法，挖泥搬走了湖底中部分污染物，似乎会使底部污染物总量有所减少，但实际上湖水中污染物浓度下降甚微，湖泊越大，污染物浓度下降越小。即使暂时略有下降，不久仍将会恢复。这是因为沉积物表层中化学成分在与其上层水长期共存过程中已经达到较为稳定的化学平衡状态，即释放出的物质与回到底泥中物质区域平衡。其中可溶性物质只在沉积初期向水中释放的较回到底泥中的多，很快就会达到平衡，而底泥表层以下物质逐渐会压实固结，释放甚微。故底部对水质影响会越来越小。
3、换水法，把污水引走，引来新的水源，能在短时间内使水体中污染物浓度降低，但这种做法只是暂时缓解了水体的污染，治标不治本，浪费水资源，而且是对污染的转嫁。
4、过滤法，滤网除藻效果显著，但除浊、除色、除耗氧量CODMn较差，且长时间使用滤网过滤，滤网需经常拆洗，频繁的拆装机器，不仅耗费人力，还极易把机器损坏，减少机器的使用寿命。
5、曝气法，在水深>5m的水库，可以装置曝气筒(或扬水筒)。实践显示，平均水深超过10m的，使用曝气筒(或扬水筒)控制藻类繁殖和嗅味有良好的效果;平均水深为5-10m的，蓝藻繁殖及嗅味得到控制，但不能控制绿藻及硅藻，特别硅藻明显繁殖;平均水深<5m的没有控制效果。大约每10万m3设置一个装置，投资及成本相当低，但是该法依然不能从根本上排除营养成分对藻类的刺激作用，而且曝气增氧设备要求动力大，耗能高，只对小水体比较有效。
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