食源性疾病
食源性疾病是指通过摄食而进入人体的有毒有害物质等致病因子所造成的疾病。一般可分为感染性和中毒性，包括常见的食物中毒、肠道传染病、人畜共患传染病、寄生虫病以及化学性有毒有害物质所引起的疾病。
洪涝灾害发生后，灾民聚居的地方人口密集，环境卫生往往较差，如果水源污染，粪便、垃圾和腐烂变质的有机物质(包括牲畜尸体)得不到恰当处理，蚊蝇便会孳生，加上不注意个人卫生和食品卫生，就容易得食源性疾病。
防护措施：
1.有病及时治疗。患了肠道传染病的人不得从事饮食服务工作，以免将自己的病传给他人。对肠道传染病患者采取隔离治疗，对患者吐泄物及食具进行彻底消毒具有重要的意义，否则，不仅会传给成年人，更容易传给小孩。
2.防止病从口入。喝清洁的饮用水，生水应烧开后饮用;饭前便后要洗手，加工食品前要洗手;制作食品前将原料用清洁的水清洗干净，不使用污水清洗瓜果、蔬菜;不吃腐败变质或被洪水侵泡过的食物，淹死或病死的禽兽、来源不明的食物，制作食品要烧熟煮透;生熟食品要分开制作放置，制作时不共用案板、刀具和盛放容器;碗筷应煮沸或用消毒碗柜消毒后使用。
3.提高人体抵抗力，根据需要可选用相应的疫苗，预防疾病。
自然疫源及虫媒传染病
虫媒传染病，是由病媒生物传播的自然疫源性疾病，常见的有流行性乙型脑炎、鼠疫、莱姆病、疟疾、登革热等危害性较强的传染病。虫媒传染病与鼠传疾病构成了媒介生物性疾病(习惯上均称虫媒传染病)。这类传染病在我国每年传染病总发病病例中约占5%～10%，但它的病死人数则占传染病总死亡人数的30%～40%。
洪灾期间，自然环境包括温度、湿度、水位、病媒生物的栖息地都发生了变化，会影响传播媒介的生长繁殖，和宿主的生活习性。另一方面，灾害期间群众居住条件差，防蚊防虫设施不全，精神压抑，营养不良，人群抵抗力下降。同时，卫生服务可及性降低。这些因素都会导致各类媒介传染病的发生。
防护措施：
1.清除积水，填平坑洼，减少和消除病媒生物的孳生场所。
2.防蚊灭蚊。尽可能的使用纱门纱窗、蚊帐，并要检查是否有破损，保证其完整性。使用蚊香、杀虫气雾剂等进行灭蚊，如果出现了不明原因发热的时候，一定要及时就诊，早诊断早治疗。
3.防鼠灭鼠。可使用粘杀、捕杀等方法灭鼠。发现老鼠异常增多的情况需及时向当地有关部门报告。
4.提高人群抗病能力。注意饮食均衡营养，劳逸结合，适当锻炼，增强体质。
