现阶段，与跨境电商进出口通关直接相关的监管模式主要有五种，分别是跨境电商B2B直接出口、跨境电商B2B出口海外仓、跨境贸易电子商务、保税跨境贸易电子商务、保税跨境贸易电子商务A。
一、9710跨境电商B2B直接出口跨境
“跨境电商B2B直接出口”指境内企业通过跨境电商平台与境外企业达成交易后，通过跨境物流将货物直接出口至境外企业，海关监管代码为“9710”。选择该模式出口的企业申报前需要先上传交易电子信息，在网上订单中填写收货人姓名等关键信息，企业提供的物流服务还需要上传物流电子信息。在线支付的订单在交易平台完成后，可以选择加传其收款信息。企业应通过“国际贸易‘单一窗口’标准版”或“互联网+海关”的跨境电商通关服务系统和货物申报系统向海关提交申报数据、传输电子信息。
二、9810跨境电商B2B出口海外仓
境内企业先将货物通过跨境物流出口至海外仓，通过跨境电商平台实现交易后从海外仓送达境外购买者模式，海关监管代码为“9810”。该监管方式适用于跨境电商出口海外仓的货物，包括亚马逊FBA、第三方海外仓以及自建海外仓。但是如果海外仓备货模式按新的此监管方式报关出口，如果货物报关离境但还未销售，则暂不符合出口退税的条件，要等到跨境电商在平台零售后按交易订单来确认销售后申请退税。而且由于该模式由于还未实现销售，若想收汇还得等在平台销售后境内公司才能实现。
三、9610跨境贸易电子商务
“跨境贸易电子商务”，适用于境内个人或电子商务企业通过电子商务交易平台实现交易，并采用“清单核放、汇总申报”模式办理通关手续的电子商零售进出口商品，海关监管代码为“9610”。该模式能够化整为零，灵活便捷满足境外消费者需求，具有链路短、成本低、限制少的特点。从事跨境电子商务零售进出口业务的企业应向海关实时传输真实的业务相关电子数据和电子信息，并开放物流实时跟踪等信息共享接口，加强对海关风险防控方面的信息和数据支持，配合海关进行有效管理。
四、1210保税跨境贸易电子商务
“保税跨境贸易电子商务”，适用于进口时仅限经批准开展跨境贸易电子商务进口试点的海关特殊监管区域和保税物流中心（B型），该模式的重点在于保税、备货和进口，海关监管代码为“1210”。该监管方式相当于境内企业把生产出的货物存放在海关特殊监管区域或保税监管场的仓库中，即可申请出口退税，之后按照订单由仓库发往境外消费者。适用于境内个人或电子商务企业在经海关认可的电子商务平台实现跨境交易，并通过海关特殊监管区域或保税监管场所进出的电子商务零售进出境商品。
五、1239保税跨境贸易电子商务A
国内保税进口分为两种：一是海关总署公告2016年第75号《关于增列海关监管方式代码的公告》前批复的具备保税进口试点的城市，二是新政后开放保税进口业务的其他城市。对于免通关单的天津、上海、重庆、大连、杭州、宁波、青岛、广州、深圳、成都、苏州、合肥、福州、郑州、平潭、北京、呼和浩特、沈阳、长春、哈尔滨、南京、南昌、武汉、长沙、南宁、海口、贵阳、昆明、西安、兰州、厦门、唐山、无锡、威海、珠海、东莞、义乌这37个试点城市继续使用“1210”代码，对于需要提供通关单的其他非试点城市采用新代码“1239”。
1210和1239监管代码适用场景不同，根据《海关总署公告2014年第57号（关于增列海关监管方式代码的公告）》第一条解释“1210”监管方式用于进口时仅限经批准开展跨境贸易电子商务进口试点的海关特殊监管区域和保税物流中心（B型）。1210当时的要求开展区域必须是批准跨境贸易电子商务进口试点的城市的特殊监管区域，目前获批的跨境贸易电子商务进口试点的城市只有天津、上海、杭州、宁波、福州、平潭、郑州、广州、深圳、重庆等10个。而1239监管代码没有对城市做具体要求，意味着只要“符合海关特殊监管区域或保税物流中心（B型）”两个条件即可。
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