食用菌菌种制作是食用菌栽培的前提，纯度高的菌种是食用菌栽培取得丰收的关键。随着食用菌产业的大发展，菌种的生产量不断扩大，由于菌种污染而造成的经济损失也在成倍地增加，这已成为食用菌发展不可忽视的问题。从菌种生产的各个环节入手，客观地分析造成污染的原因，采取相应的预防措施，才能达到降低制种成本，提高菌种质量和产量的目的。减少食用菌菌种的污染可以采取以下措施：
合理安排食用菌接种时间
在夏季潮湿环境中，若温度适宜，杂菌滋生蔓延快，而每年的7～8月份是制作蘑菇原种、栽培种的适宜季节，但此期各地普遍高温多雨，杂菌非常活跃，也是菌种受污染最严重的时期。高温季节，食用菌的接菌时间提前或延后，是降低杂菌污染的－条经济有效的途径。具体做法是在7～8月份的气温较低的时间段接菌，如早晨或晚上。当然，如果在有空调的室内接菌效果更佳。
科学配制食用菌菌种培养料
用于制作原种、栽培种的培养料，原料要新鲜，成团、结块的料要打碎，难吸水的培养料应先用足够的水拌湿，然后充分拌匀。培养料中拌入O.l%～O.2%的多菌灵可湿性粉剂，可抑制木霉和青霉的生长。用常压灭菌，拌料后要及时装瓶(袋)，上锅灭菌，搁置时间不宜超过5小时。
食用菌菌种灭菌要彻底
在灭菌锅内，试管要竖放，瓶(袋)摆放要留空隙，棉塞不能相互挤压。根据培养料和容器装置，确定灭菌蒸汽压力(或温度)和灭菌时间，注意排冷空气，而且放气速度要慢。
严格在无菌接种室(箱)中制作菌种
每个操作环节都要严格按无菌操作规程进行，进入接种室后要少走动、少说话。料袋灭菌后冷却至不烫手时搬动，可减少袋壁破裂，接种环境清洁，接种室(箱)要密封和严格消毒。接种用具保持清洁，用前消毒处理，棉塞潮湿应更换灭菌过的干燥棉塞。
制作食用菌母种要细心
根据培养料性质、培养时间、灭菌方法等，选用合适的瓶或袋，培养料装至离棉塞2～3公分处，抹净瓶(袋)口，然后加棉塞，以免水分和培养料沾污。制作母种注入培养基时要细心，切勿将培养基沾在试管口上。加棉塞要松紧适中，若过松容易进入杂菌。
选择菌丝健壮的食用菌作原种
选用无污染、菌丝生长健壮的适龄母种和原种，接种前认真检查，并且不要用表层菌种接种。接种时最好破开瓶底，从下部接至表面2～3公分处。若以瓶口取种，应把上层2～3公分的菌种挖掉，然后接种。
