离职的时候不发加班工资员工可以先与单位进行协商，如果是双方协商不成的，可以直接向人民法院进行起诉，或者是向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，如果是员工是出于用人单位不发工资而辞职的，此时劳动者在辞职时是可以要求单位按照工作年限支付一定的经济补偿金 的。
员工正常离职后用人单位不发工资的，劳动者可以与其进行协商，协商不成的可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
不过劳动者擅自离职，没有提前30天书面提出离职，用人单位也不存在《劳动合同法》第三十八条的情况，劳动者属于违法。用人单位应该全额支付劳动者工资，但是该劳动者给用人单位造成的直接经济损失、招聘产生的费用，用人单位可以要求劳动者承担。
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解;不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁;对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
劳动者主动辞职的原因只能是单位不像劳动者支付工资或者是不为劳动者缴纳社会保险的，以及单位要求劳动者从事违法活动的，就算是劳动合同期限没有届满的，也是不用交纳违约金的，如果是不存在上述情形，劳动者向辞职的，可以直接与单位进行协商。
